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しかし早くも１９６３年には、英国の研究者達が、人間に見られたサルモネラ菌の耐性がある菌株出現を牛に給餌された抗生物質に結び付けた。定期的に動物飼料に見いだされる薬品には、エリスロマイシン、ペニシリン、ストレプトマイシンがある。批判者達は、低服用量での飼料抗生物質の使用が家畜の消化器官に耐性があるバクテリア発生を助長させている事を警告している。これは、動物あるいは人間にこれらの薬剤を使用する場合の未来の効力を脅やかすものである。

環境保護団体とアメリカ医学協会(American Medical Association)によって支援されている連合団体、「抗生物質薬効維持/Keep Antibiotics Working」によれば、「ｔｅｔｒａｃｙｃｌｉｎｅｓ」、「the Cipro-like fluoroquinolones」のような主要抗生物質クラスですでに効力が落ちている。

危機は高まっている。憂慮する科学者連合(ＵｎｉｏｎｏｆＣｏｎｃｅｒｎｅｄ Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔｓ) は２００１年に以下の計測を出した：米国の農民団体が２４６０万ポンドの抗菌物質を使用している。これは産業界の見積りをほとんど４０パーセント超えている。

農業薬品業者のためのワシントンにあるトレードグループ、動物健康研究所(ＡｎｉｍａｌＨｅａｌｔｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅ)副社長、ロン・フィリップス(ＲｏｎＰｈｉｌｌｉｐｓ)はこう述べている：農業での抗生物質消費のたった４.５パーセントが成長促進である。残りは病気拡大を妨げ、治療し、コントロールするために使われている。抗生物質は動物の健康と人間の健康両方へ実際肯定的なものである。

環境保護団体「Keep Antibiotics Working」は動物飼料に抗生物質を使用する事を連邦政府が禁止令を出す運動を押し進めている。「Preservation of Antibiotics for Medical Treatment Act」という法律が議員達（Sens. Edward Kennedy, D-Mass、Olympia Snow, R-Maine）によって導入されれば、２年で「人間用薬品で重要である」とみなされる抗生物質の（動物飼料）使用を2年間で段階的に停止させるだろう。

２００５年に「FDA/食糧医薬品局」は家禽でのバクテリア感染症を治療するために「Ｃｉｐｒｏ類似薬」、「Ｂａｙｔｒｉｌ」の使用を禁止した。これは、普通の食中毒有機体である「カンピロバクター菌」の耐性菌株がチキンで見いだされた後に取られた禁止である。「Ｃｉｐｒｏ」に対し抵抗力あるカンピロバクター菌(Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ)の人間の発症が上昇している。

ＦＤＡは、抗生物質の「ｃｅｆｑｕｉｎｏｍｅ」の認可申請を考慮中である。これは人間用の薬「ｃｅｆｅｐｉｍｅ」に類似していて、獣医用薬に提案されているものである。２００６年の秋に、ＦＤＡの諮問委員会がこの認可に反対の勧告をした。

「米国農務省は抗生物質の使用が問題を起こすと言うことを非常に嫌がっている、そしてＦＤＡは伝統的にこれまで中央にいてきた。しかしFDAはこの数年では産業界にいっそう融通をきかせている」とローチ氏は述べている。「ｃｅｆｑｕｉｎｏｍｅ」認可に関する最終判決はまだ審議中である。